1932 erbaute die Salzburger Firma Dreher&Flamm für die Kirche des erzbischöflichen Instituts ein dreimanualiges Instrument mit 32 Registern, das aus der Emporenorgel mit Hauptwerk, Schwellwerk und Pedal sowie einer Chororgel bestand. Im Laufe der Zeit häuften sich die technischen Probleme. Weiters fiel die Chororgel in den 1980er Jahren einem Umbau der Schulräume zum Opfer. Schließlich wurde das desolate Instrument zum Abbruch freigegeben.
Beim Befunden zeigte sich, dass die Hauptursachen der Störanfälligkeit vor allem in der augenscheinlich selbst konstruierten, elektrischen Steuerung lag. Die teils wild verkabelten Schaltungen und Relaismagnete konnten schon aufgrund der Textilisolierung nicht in dieser Form erhalten werden. Darum wurde beschlossen, die gesamte elektrische Steuertechnik neu und zeitgemäß aufzubauen. Die Windladen, die Blasbälge und das Pfeifenwerk wurden in der Werkstatt restauriert. Die Steuerrelais mit den selbst konstruierten Auslassmagneten wurden auf ein Wippmagnetsystem umgebaut. Die Registerklappenbälge wurden neu bezogen und sämtliche Membranen ausgewechselt. Die unsauber gefertigten Ventilsitze und Bohrungen wurden nachbearbeitet um Funktionssicherheit gewährleisten zu können. Der bisherige Pedalbalg wurde in den Gebläsekasten im Treppenhaus versetzt, um die Großpedallade für Wartungszwecke besser erreichen zu können.
In der Disposition wurden zwei Register nach Dreher&Flamm-Vorbild erneuert: Der Diskant der Waldflöte war bislang mit einem Konglomerat aus unpassenden, gebrauchten Pfeifen bestückt. Die neuen Pfeifen wurden überblasend gebaut. Zudem wurde im Schwellwerk eine Solotrompete 8' disponiert, weil mit dem Verschwinden der Chororgel auch die für Max Dreher charakteristische Zungenstimme verloren ging, die den Gesamtklang der Orgel nachhaltig prägt. Der Platz dafür wurde durch zusammenlegen von Mixtur und Sesquialter zu einem dreifachen Kornett gewonnen.
Der Spieltisch mit seiner Ästhetik der 30er Jahre blieb in der Optik erhalten. Die Klaviaturen wurden neu belegt und mit optischen Kontakten versehen. Die originalen Registerwippen wurden auf neuen Schaltern montiert und laufen jetzt bei Setzer- oder Crescendobetätigung zur Kontrolle mit. Weil das Instrument nicht nur für die täglichen Gottesdienste, sondern auch für den Unterricht des Referates für Kirchenmusik dient, das im Borromäum untergebracht ist, wurde natürlich auch eine Setzeranlage installiert. Die alte freie Kombination wurde stillgelegt, blieb aber, wie auch das dritte Manual der ehemaligen Chororgel und die zugehörigen Registerschalter erhalten, falls die Chororgel doch noch eines Tages wieder auferstehen sollte.