Das Pfongauer Orgelwerk enthält als Besonderheit größtenteils Pfeifen, die nachweislich aus der ehemaligen Köstendorfer Orgel stammen, welche 1729 von Johann Christoph Egedacher gebaut worden war. Matthäus Mauracher ergänzte lediglich die wegen der kurzen großen Oktave fehlenden Pfeifen.
1893 wurde die Orgel von Albert Mauracher um den Subbaß 16' an der Rückseite erweitert.
Bei der Restaurierung mussten vor allem Schäden, die durch Anobienbefall und Korrosion entstanden, beseitigt werden. Das Gebläse wurde schallisoliert und mit einer Frequenzansteuerung versehen, so dass die Gebläseleistung abhängig vom Windverbrauch geregelt wird.