Die Stamser Chororgel von 1757 wurde aufgrund ihrer konstruktiven Merkmale und den Pfeifensignaturen dem Füssener Orgelbauer Andreas Jäger zugeschrieben. Sie ist bis auf wenige Einzelpfeifen und die Balganlage original erhalten.
Die ursprüngliche Balganlage befand sich hinter dem Chorgestühl im Kreuzgang. Jedoch wurde im 19. Jahrhundert schon ein neuer Magazinbalg aufgestellt. 1972 wurde die Windversorgung vom externen Balghaus nach innen unter das Chorgestühl verlegt.
Bei der jetzigen Restaurierung erfolgten vor allem konservative Maßnahmen um die Funktion der täglich beim Chorgebet genutzten Orgel zu wahren. Nach eingehender Untersuchung der Orgel und vor allem des Pfeifenwerks konnten alle im Lauf der Jahrhunderte umgestellten Pfeifen wieder zweifelsfrei ihrem angestammten Platz zugeordnet werden. Besondere Sorgfalt erforderte die Zuverlässigkeit der Pedaltraktur, die nur nach dem Ausbau der Manuallade erreichbar ist. Anstelle des bisherigen Schwimmerbalges wurde ein einfaltiger Keilbalg unter dem Chorgestühl eingebaut, der zusammen mit dem frequenzgeregelten Gebläse einen stabilen aber beweglichen Wind bereitstellt.
Die Orgel ist im tiefen Kammerton (ca. 415 Hz) gestimmt. Für die Temperierung wurde eine eigene 1/5-Komma Stimmung entwickelt, welche die nicht ganz gleichmäßige Längenabfolge der Pfeifen berücksichtigt.
Eine kleine Besonderheit ist der beim Abbau der Orgel gefundene barocke Hammer, der zugleich als Schraubenzieher für die großen Stockschrauben funktioniert.